用眼睛直接从鱼体患病部位找出病原体或根据病鱼的症状来分析各种病症的根源，为确定病原体  提供依据。

一是体表检查：从鱼池或水族箱中捞出病鱼或刚死的鱼5-10尾，大型锦1-2尾，置于白捷瓷盘内，按顺序从嘴、眼、解片、鳍条等部位仔细检查。对于一些大型的病原体，如水霉、线虫、鲺、锚头鰠等可以清楚看见。同时，可以通过口腔充血、肌肉发红、鳍基充血、肛门红肿、鳞片脱落、体表充血、尾柄或腹部两侧出现腐烂、病变部位发白有浮肿脓泡、旧棉絮状白色物、白点状胞囊等，以确定病情。一般细菌性引起的疾病表现为：皮肤充血、发炎、腐烂、脓肿及长有赘生物等：寄生虫性病则表现为：体表黏液增多、出血，出现点状或块状孢囊等症状。

二是鳃检：检查鳃时，按顺序先查看鳃盖是否打开，有无充血、发炎、腐烂等症状，然后用手指  翻开鳃盖，观察鳃色是否正常，黏液是否增多，鳃末端是否肿大和腐烂。最后用剪刀剪除鳃盖，观察  鳃丝有无异常。

三是肠道检查：剪开前后肌肉，打开腹腔，先观察内脏有无异常及异物或寄生虫，如鱼怪、线虫、舌状绦虫等。后用剪刀从靠咽喉部位的前肠和肛门的后肠剪断，取出整个内脏置于盘中，将肝脏、脾、鳔等器官逐个分开，再剪开肠管，去掉内食物和残渣，仔细观察。如锦鲤患细菌性肠炎，肠黏膜就会出血或充血，肛门红肿。

2.仪器检查

肉眼不能看清的小型寄生虫，需用显微镜放大检查。用于检查的鱼，小型鱼池或水族箱至少应有3-5尾，最好是刚死或即将死亡的病鱼，每一处检查部位，均需制2-3片标本，刮取拟检部位的黏液或切取一小块病变组织。滴入适量蒸馏水或生理盐水，加盖玻片置显微镜下检查，寻找病原体。

3.实验室检验

根据流行病学、症状观察及病理解剖的结果，若有必要则可进行实验室检查。